Синий еж и красная ехидна были заклятыми противниками в Sonic 3, но в этом приключении на платформе Наклз понимает, что он был всего лишь пешкой в схемах доктора Эггмана (ОН же доктор Роботник). Knuckles, бывший противник, теперь поддерживает Соника в борьбе с общим врагом, и каждый должен использовать свои сильные стороны, чтобы заполучить бесценный Мастер-Изумруд и спасти Остров Ангелов.